Pembinaan dan pengawasan oleh Badan Pengawasan Mahkamah Agung RI dilaksanakan mulai tanggal 20-23 Oktober 2014. Pembinaan dalam hal mengevaluasi semua kinerja di Pengadilan Negeri Jember. Pemeriksaan tersebut dilaksanakan pada semua kegiatan sub bidang serta pelayanan yang ada di Pengadilan Negeri Jember mulai dari pencatatan register manual dan elektronik, anggaran, aset, keuangan perkara, meja informasi dan pengaduan,absensi dan lain-lain. Dari semua pemeriksaan tersebut terdapat temuan temuan yang tidak sesuai dengan prosedur sistem peradilan. untuk itulah Badan Pengawasan melakukan pembinaan di tingkat peradilan pertama agar kedepan sistem peradilan terutama di Pengadilan Negeri jember lebih tertata rapi dilihat dari infrastruktur maupun administrasi.